1. основными целями в соответствии с его миссией являются:

- содействие развитию творческой инициативы предприимчивости, заинтересованности и ответственности коллективов, отдельных работников и студентов вузов в достижении высоких конечных результатов по воспроизводству кадров, получении и распространении знаний институциональной или программной.

- проведение независимой аккредитации вузов республики, прошедших государственную аккредитацию на основе критерий и показателей, адаптированных к европейским стандартам качества с привлечением независимых экспертов;

- достоверное информирование государственных органов, общества, работодателей, отдельных граждан и других заинтересованных сторон о возможности и получения ими наиболее качественного образования, конкурентоспособных на рынке труда специалистов в вузах, успешно прошедших независимую общественную аккредитацию;

-содействие вузом, прошедших независимою общественную аккредитацию в адаптации их образовательных программ к европейским стандартам и расширении международных связей.

2. для достижения изложенных в пункте 1. целей Агентство призвано решать  следующие задачи:

- разработать концепцию и стратегию развития Агентства;

- разработать и распространять среди вузов Руководство по процедурам, критериям и показателям независимой аккредитации;

- организовать и осуществлять, совместно с зарубежными партнерами, подготовку сертифицированных экспертов по внешней системы гарантии качества из числа опытных преподавателей практики по направлениям с специальностям на основе критериев и показателей EFQM;

- оказать консалтинговые услуги вузам и другим заинтересованным сторонам по вопросам  менеджмента качества образования и процедурам аккредитации;

- осуществлять информационно – рекламную поддержку вузов, прошедших общественную аккредитацию, на внутреннем и внешнем рынках образовательных услуг;

- публично распространять информацию (количественную и качественную) о высших учебных заведениях и образовательных программах, прошедших независимую региональную/международную аккредитацию.

- организовать и провести семинар тренингов непосредственно в вузах «Роль и значение прохождения независимой региональной/международной аккредитации в повышении рейтинга вуза» и «Процедуры, критерии и показатели региональной/международной  аккредитации»;

- разместит информацию о целей и задачи Агентства, процедуры, критерий и показателей внешней системы гарантии качества и аккредитации на веб – сайте ЦПТО;

- провести пробную пилотную программную аккредитацию 1 – 2 вузов – членов консорциума в рамках проекта CANQA;

- разработать методические рекомендации по совершенствованию менеджмента качества для вузов.